La loi du 11 juillet 2001 relative à Mayotte prévoit l'application progressive du droit commun français à Mayotte, dans la perspective de l'évolution vers le statut de département d'outre-mer (DOM). Mayotte est ainsi une collectivité départementale, dotée d'un conseil général, et d'une administration décentralisée, en place depuis le 1er avril 2004. Depuis 2001, les règles applicables à Mayotte figurent au Code général des collectivités territoriales. La loi organique du 21 février 2006 a réécrit ce statut, en prolongeant la logique de la loi de 2001. Désormais (à partir du 1/1/2008), sauf dans quelques matières (fiscalité, urbanisme, droit social...), l'identité législative régit le régime législatif de Mayotte : cela signifie que le droit commun est applicable, comme dans les DOM. De plus, à partir de son renouvellement de 2008, le conseil général de Mayotte pourra adopter une résolution invitant le gouvernement à transformer la collectivité en DOM.
Il faut noter que le statut de DOM est peut-être (la question n'est pas claire, dès lors que certains Guyanais disposent d'un tel statut et que la Constitution "protège" le statut personnel) incompatible avec le maintien du statut personnel (voir plus bas), mais permettrait l'attribution du revenu minimum d'insertion, ce qui explique le lobbying d'une grande partie de la classe politique en ce sens.
La décentralisation rencontre des écueils similaires à ceux connus en 1982 en métropole, aggravés par la faiblesse de la pratique démocratique qui est à la fois récente et plaquée sur la culture ancestrale et cosmopolite des habitants de l'île. Le clientélisme est très développé.
L'État français est représenté par un préfet. En matière d'éducation nationale, Mayotte constitue un vice-rectorat.